Vào ngày 10 tháng 6 năm 1999 Chính quyền Cộng sản thành lập 'Phòng 610', một cơ quan ngoài vòng pháp luật để lãnh đạo đàn áp Pháp Luân Công.[53] Tuyển mộ nhân viên được chọn lựa ở các tỉnh, thành phố, huyện, trường học, cơ quan chính phủ và doanh nghiệp nhà nước ở Trung Quốc.[72]

Vào ngày 22 tháng 7, Bộ Nội vụ và Bộ Công an giải thể hội nghiên cứu Pháp Luân Đại Pháp, cấm "tuyên truyền Pháp Luân Công dưới mọi hình thức," và cấm ai muốn gây rối trật tự xã hội hay chống đối chính phủ. Tổ chức quan sát Nhân quyền và Tổ chức Ân xá nói rằng các chỉ thị chính thức và các văn bản quy phạm pháp luật cho cuộc thanh trừng không đạt các tiêu chuẩn pháp lý quốc tế và hiến pháp của Trung Quốc.[7][55] Nguồn tin của Pháp Luân Công đã chỉ ra rằng theo hiến pháp Trung Quốc, Bộ Công an không có quyền để tạo ra các luật và các lệnh cấm chống lại Pháp Luân Công, những điều luật đó là do tự nó tạo ra nên là bất hợp pháp.[73]

Vào ngày 26 tháng 7, một số văn phòng nhà nước và Bộ Công an đã ban hành một thông tư kêu gọi tịch thu và phá hủy tất cả các ấn phẩm liên quan đến Pháp Luân Công;[74] nó đã bị kết án trên các phương tiện truyền thông, với những cuốn sách bị xé vụn, bị đốt cháy và các băng hình bị ủi nát trước ống kính của máy quay truyền hình.[6]

Vào ngày 29 tháng 7 năm 1999, Văn phòng Tư pháp Bắc Kinh đã đưa ra một thông báo cấm luật sư nhận thân chủ là các học viên Pháp Luân Công.[75] Các luật sư Vị Toàn, những người đã cố gắng để bào chữa cho các khách hàng là các học viên Pháp Luân Công đã phải đối mặt với nhiều mức độ bị bức hại, bao gồm tước bằng luật sư, tạm giam, và trong trường hợp của ông Cao Trí Thịnh, bị tra tấn và mất tích.[76][77]

Chính phủ ban hành một đạo luật (Điều 300 của Bộ luật hình sự), thông qua bởi các Quốc hội Trung Quốc vào ngày 30 Tháng 10 năm 1999, với áp dụng hồi tố để ngăn chặn "những tôn giáo không chính thống" trên toàn Trung Quốc, nhờ đó hợp thức hóa cuộc đàn áp Pháp Luân Công và bất kỳ nhóm tín ngưỡng khác bị coi là "nguy hiểm đối với nhà nước."[6]

Để phản ứng lại sự đàn áp, từ cuối năm 1999 tới đầu năm 2001, hàng ngày có hàng trăm học viên Pháp Luân Công đi đến Thiên An Môn, nơi họ thực hành thiền định trong cuộc biểu tình im lặng hoặc giương các biểu ngữ để yêu cầu khôi phục danh dự và chấm dứt lệnh cấm. Những cuộc thỉnh nguyện đã nhanh chóng và thường bị trấn áp bằng bạo lực bởi nhân viên an ninh trực sẵn ở đó, và các học viên tham gia thường được gửi trở lại các thành phố quê nhà nơi họ sẽ bị trừng phạt. Vào ngày 25 Tháng 4 năm 2000, tổng cộng hơn 30.000 học viên đã bị bắt giữ ở Quảng trường Thiên An Môn.[78] 700 học viên Pháp Luân Công bị bắt khi thỉnh nguyện trên Quảng Trường vào ngày 1 tháng 1 năm 2001.[79] Các quan chức lớn đã thiếu kiên nhẫn với dòng người thỉnh nguyện không ngừng tới Bắc Kinh,[5] và đã quyết định một hệ thống gồm các cấp cơ quan chịu trách nhiệm nhằm đẩy trách nhiệm từ trung ương xuống các cấp địa phương để gây sức ép đối với các học viên: Chính quyền trung ương yêu cầu các chính quyền địa phương phải chịu trách nhiệm cá nhân đối với dòng người biểu tình.[80] Chính quyền tỉnh sẽ xử phạt các chủ tịch huyện nếu có bất kỳ học viên Pháp Luân Công nào từ huyện của họ đi đến Bắc Kinh. Chủ tịch huyện sẽ lần lượt bị xử phạt bởi những người đứng đầu ủy ban chính trị và luật pháp, sau đó các chủ tịch huyện trở lại các thôn và lần lượt xử phạt các chủ tịch xã. Các chủ tịch xã lại xử phạt các nhân viên cảnh sát, họ sẽ tìm cách trừng phạt những người quản. Theo Johnson, cảnh sát liên tục làm tiền bất hợp pháp từ các học viên Pháp Luân Công và chỉ được trao đổi thông qua lời nói trong các cuộc tra hỏi, "bởi vì họ không muốn nó được công bố." Một điểm chính trong những lời khai của các học viên Pháp Luân Công bị tra tấn là họ "liên tục bị yêu cầu nộp tiền để bù đắp cho các khoản tiền phạt."[5]

Tổ chức quan sát nhân quyền báo cáo rằng một số đơn vị công tác có thể đã sa thải ngay tức khắc những người bị coi là các học viên Pháp Luân Công, có nghĩa là họ bị mất nhà ở, thất học, mất lương hưu và bị báo cáo cho công an.[81] Các chính quyền địa phương sẽ giam giữ các học viên kiên định và những người không công khai từ bỏ tín tâm, và thúc ép các hộ gia đình và các nhà tuyển dụng để "chắc chắn" rằng các học viên sẽ bị cô lập.[82]